本作是一個全新的故事，連結了《異度神劍》與《異度神劍 2》兩個世界的未來，遊戲舞台，是由科維斯和安格努斯，兩個互相敵對的國家所構成的世界「艾歐尼翁」。6 名分屬兩國的少年少女，將為了尋找「真正的敵人」以及這個世界的真相而攜手，連結過去與未來，生命的故事就此展開。